政治獻金假帳疑雲
柯競辦、木可、時樂、尼奧、蒔間款項混亂
柯文哲8月7日遭爆出2024總統大選期間，將募款經費巧立名目流向木可公關行銷有限公司，支付1300萬的授權金給木可，且有木可員工同時領取柯競辦薪水。
而承辦柯文哲造勢活動的時樂公司，與負責柯文哲演唱會的尼奧公司，皆稱未收到申報資料的款項，共3筆申報總計916萬4311元。時樂與尼奧這兩家公司的負責人同為戴利玲，與時任競選總幹事黃珊珊交情匪淺，引發做假帳質疑。
對此，民眾黨查核發現，漏報總金額達1817萬元，會計師端木正因「時間來不及」便宜行事，擅自把漏報金額1817萬餘元調節後申報到木可、時樂、尼奧等公司，卻未告知競總任何人。
另外，一間原名「軍宇國際」的室內裝潢公司去年7月改名為「蒔間」後，3個月內向柯辦取得1000萬元的影音服務案，其地址和電話登記在利安達會計師事務所名下，但利安達不知此事，「蒔間」遭質疑是幽靈空殼公司。
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葉智光指控被木可當人頭
自稱是「前木可公關公司總經理」、同為立鼎公司業務接洽人的葉智光（Sky）指控，自己被木可當人頭，曾和立鼎公司總經理張俊堂為柯文哲製做競選小物，並替木可公司代墊1300萬，然而選後木可卻以「沒有合約」為由拒絕付款。
對此木可公司表示，葉智光從未任職於木可公司；民眾黨也表示從未授權立鼎公司製做宣傳小物。
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演唱會獲利77萬未申報
柯文哲去年主辦KP演唱會宣稱是「募款演唱會」，獲利約新台幣77萬元，卻未見政治獻金申報帳目。黃珊珊表示，木可公司因第1個會計年度無營收，依法需退回捐款，今年木可已回捐民眾黨170萬元。
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多項帳務不明
此外，民眾黨仍有多項收支不明，如餐費誤登為96萬元，陳智菡夫妻說法不一、多項小額漏登等，黃珊珊8月19日舉行查帳進度記者會，說明是會計誤登、漏登，將比對後向監察院更正。
而柯文哲去年在台南造勢花費475萬，民眾黨台南市黨部前主委蔡宛秦宣稱，自己跟台南市政府申請合法路權，根本沒有花到錢，引發外界質疑。對此台中市黨部主委江和樹8月16日回應，造勢花費是由柯競辦支付，與地方黨部無關。
另外關於網紅四叉貓質疑為何須200萬租賃胖卡宣傳、130筆幽靈計程車申報等，民眾黨回應皆符合規定。
至於柯文哲又被爆出有多筆政治獻金來自中國大陸，民眾黨8月22日回應，初步看都有身分證，也會重新盤點，檢視是否具有身分證。
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中央開鍘黃珊珊、李文宗、端木正
對於黨內許多聲浪要求黃珊珊負責，民眾黨中評會8月20日處以黃珊珊停權3年，時任財務長李文宗、會計師端木正開除黨籍等處分。
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陳佩琪用兒名義開公司、想買上億豪宅
柯文哲妻子陳佩琪自爆擔任公務員期間，以兒子名義開設人頭公司，準備開設「小草咖啡廳」。柯文哲雖表示該計畫「討論到現在也還沒做」，但北市聯醫仍請陳佩琪提供相關說明，然而陳佩琪說詞卻從用兒子名義開公司，改稱是幫孩子設立公司，最後轉成是兒子自己要開的，更引人質疑。
另外陳佩琪又被傳出看上億豪宅，對此柯文哲8月24日回應，他跟陳佩琪都是台大醫生，要買1億元的房子不困難，不用裝窮，引發兩極評論。只是柯認為現金比較好用，最終並未同意買房。
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動用千萬補助款買商辦
陳佩琪才因看上億豪宅引發熱議，柯文哲8月26日又被爆出5月時動用4300萬的選舉補助金購買商辦，還當「包租公」。對此柯文哲承認他是參考其他政黨總統候選人的例子，要設立個人使用的辦公室。不過該商辦的租客原本就有承租，所以是讓原租客留到租賃期滿，再作為個人辦公室使用。
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北市三大案纏訟
在柯文哲深陷政治獻金疑雲的同時，過去的「北市三大案」也仍在進行調查。三大案中的「北士科案」初步報告8月20日出爐，雖查無柯文哲與新光人壽有私下授受，但點出北市府政策錯誤，導致流標。北市議員8月22日質疑，最後拍板T17、T18免投資計畫書，是柯文哲自己簽的公文，而且沒有都審委員，也沒有公正第三方背書，讓人懷疑是黑箱，希望柯出面說明。
另一案「京華城案」，經檢方偵訊後限制出境的北市前副市長彭振聲，8月26日赴北市議會說明京華城案。議員許淑華轉述，彭振聲指「受（時任台北市長）柯文哲交辦」組專案小組會議，幫京華城研議非都更區都更獎勵，關鍵公文由柯文哲親簽決行的原因是彭認為「準用」並非「適用」都更條例而沒簽。8月28日檢廉搜索43處、約談數名被告及證人，8月29日聲押威京集團總部主席沈慶京、北市議員應曉薇、應曉薇助理吳順民等人。
而「台智光案」為北市議員陳重文疑受警用監視器網路業者「台智光」賄賂，在北市議會質詢時施壓市府。柯文哲2017年擔任台北市長時，在前市長郝龍斌與台智光簽訂的25年母約之外，另與台智光簽定專約，並於2020年議定3M月租費率2200元。現任市長蔣萬安發現價格過高後，已解除該專約，然而台智光認為沒有解除，7月8日仲裁期結束後，雙方進行訴訟。
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台智光不認與市府解除子約 稱費率談不攏才找民代協助、沒有行賄
台玻新辦公室違規動工？
除了假帳風波紛紛擾擾，民眾黨中央黨部預期近期搬遷，8月26日傳出未經許可擅自在台玻大樓3樓進行室內裝修。民眾黨發言人吳怡萱表示，8月26日已送件，並沒有規避審查，目前配合建管處會勘。柯文哲8月27日受訪時也否認，「它沒有在開工。」
