北檢所在的司法新廈是6層樓建築，頂樓有門禁管制，一般民眾無法隨意進出，但因司法新廈同時另外台北地院、法務部2個機關，頂樓互通，各機關人員也不見得互相認識，不排除特定民眾是尾隨公務人員溜到北檢頂樓，把民進黨旗升到國旗杆上。
由於北檢15日才發動搜索約談高虹安遭檢舉涉詐60萬元立委助理費案，16日凌晨依違反《貪污治罪條例》等罪，諭令高虹安60萬元交保，下午就傳出被人偷掛黨旗的事情，有司法官猜測，可能是要表達對政府偵辦高虹安的不滿。法界人士指出，因侮辱公署罪已廢除，類似潛入公家機關管制區域的行為，可能觸犯了《刑法》侵入建築物罪。
對此，台北地檢署回應如下：
本署偵辦高姓被告等人涉嫌浮報助理費案件均係依既定步驟進行調查、蒐證，未受任何外力介入或干擾，亦與當事人之政黨無關，今日民眾擅自進到本署頂樓懸掛旗幟之行為，實不可取，呼籲外界理性看待本案，留給檢察官純淨的辦案空間；至上開民眾是否涉有法律責任，本署定將一併查處，並依相關規定辦理。
