顏博文接受媒體專訪時，稱當時有人以「世紀大騙局」形容慈濟採購疫苗的宣示，更接到許多來自政界、工商業界等大老電話，勸他「買不到的，不要浪費力氣」，原來是許多工商業大老都想買疫苗，卻被政府勸阻或說政府自有安排。
面對慈濟採購疫苗的過程，柯文哲批評，「這是我一直對陳時中很不能原諒的地方」，當時北市府也有要申請採購疫苗，但在疫情最嚴重的時候，為了護航高端疫苗擋BNT進來，「這是我最痛恨的事情。」
陳時中則強調，並沒有阻擋的意思，是因為疫苗販售在國際上都是緊急授權使用，都是以國家為單位，其他有經驗的告訴慈濟有這樣的困難，所以慈濟才跟國家合作，達到國民所需的心聲。
而對於柯文哲的說法，陳時中出席中醫師後援會成立大會時回應，「講這種話的人自己要去反省」，如今高端購買500萬劑，BNT則購買1500萬劑，現在兩個都進來的了，而且BNT劑都用完了，高端也用了300萬劑。
對於疫苗風波，慈濟基金會11日晚間澄清勿作泛政治化聯想，而行政院隨後也發出聲明，指政府在為國人健康把關的前提下，絕無任何阻擋情事，有關三捐贈單位購買及捐贈疫苗之過程，政府均全力協助，確保疫苗在運送、檢驗、保存及施打等作業均符合原廠要求下，為國人規劃接種。
