據《執行嚴重特殊傳染性肺炎醫療照護及防治發給補助津貼及獎勵要點》，於一百十年六月一日起，完成採檢及通報者，每一案獎勵費用500元，其中300元應分配予採檢相關人員。
指揮中心剛解散，陽明院區胸腔內科主治醫師蘇一峰，日前於臉書文指出「為什麼醫療人員要走上街頭抗議....一個醫學中心的護理人員，一個月辛苦第一線幫忙採檢上百位疑似患者，最後就是領到這個數字9元。是的，九元，侮辱性極強的一個數字......」
對此，衛福部醫事司司長劉越萍今表示，依規定每案500元的採檢獎勵金的6成，300元要給相關的工作人員。只分到9元有可能是部分醫院的拆帳問題。
劉越萍表示，新冠疫情期間，醫事人員相關的獎勵金都是由衛福部發放給醫院，再由各醫院拆帳發放給員工。衛福部給醫院的採檢獎勵金撥款也已發到今年2月。過去2020年到2021年醫事司針對獎勵金的發放情況有到各醫院抽查，當時就出現「分配比例公開透明」的問題，很多都是因為獎勵金的分配比例沒有讓員工知道，引起糾紛。因此醫事司建議醫院要讓所有員工都知道分配比例，建立透明機制才是重點。目前也已展開針對2022年的醫院抽查。
劉定萍表示，若蘇一峰醫師指涉的個案願提供相關資訊，衛福部將前往了解，或可透過部長信箱向衛福部申訴。醫事司近期也將針對發放補助金額較多，接獲申訴抱怨較多的醫院優先抽查發放情況。
