在回應中，日本外務省表示這並不是他們所擔憂的問題，而文部科學省也針對濱田聰的要求發布了一篇相當樣板化的回應，表示這款遊戲並沒有違反「公共秩序和道德」，而如果有違反的話，那他們才會展開更進一步的調查。
一般來說，日本文部科學省偶爾會針對電玩遊戲中過於暴力和裸露的表現發表回應或是相關措施，像是《絕命異次元》和《卡利斯托協議》就曾因為過於血腥的表現在日本禁止販售。因此，日本文部科學省在短時間內似乎並沒有針對《刺客教條：暗影者》展開調查的理由，而其他日本政府機構也沒有回應濱田聰這項要求的打算。
就在《刺客教條：暗影者》爭議延燒數個月後，Ubisoft 終於在日前向日本玩家發布了一則聲明，承諾他們在遊戲正式開發完成之前將會持續修正一些細節上的歷史錯誤，像是旗幟以及建築等。此外，針對引發爭議的彌助在日本戰國史上到底是否為「武士」，Ubisoft 也明確表示這點存在著討論空間。
