營養師廖敏涵在「Ruby兔子/營養師」指出，喝咖啡會引起胃部不適是因其多種化合物混合的關係，而非單一物質導致。咖啡中的咖啡因、兒茶酚胺和其他物質，都會刺激胃部細胞大量分泌胃酸，因此引發不適感。且咖啡因還會刺激食道下端的擴約肌變得較鬆弛，甚至引起胃食道逆流，因此，不管是加牛奶或加糖都不能緩解。
但近年研究也發現，咖啡含有一種活性物質「NMP（N-methylpyridium）」。廖敏涵說明，NMP這種化合物能減少胃部細胞產生過多的胃酸，可降低胃部不適。有趣的是，NMP並不存在於生咖啡豆（尚未處理的咖啡豆）中，只會在烘焙的過程中產生，且烘焙得愈深、含量愈多，深烘焙咖啡的含量甚至是淺烘焙咖啡的2倍以上。
不過營養師也強調，含量還是會因咖啡豆差異和烘焙方式有所不同。但這也代表，咖啡喝得愈深焙愈不傷胃，簡單來說就是「深度烘焙的咖啡對胃比較友善。」
此外，深焙豆中，容易造成胃不適的酸性物質含量其實也較少。廖敏涵建議，若真的很喜歡喝咖啡、卻又擔心喝咖啡傷胃的人，可改變喝咖啡的時間，如飯後再喝或盡量不空腹喝咖啡。如此，不僅不傷胃，咖啡因刺激所分泌的胃酸還能幫助人體消化。
