針對黃國昌表示希望擔任法務部長，林智群在臉書上質疑，他是不是以為法務部長是追查犯罪的主體啊？這就跟電視劇上檢察官佩槍追捕歹徒，一樣好笑欸。念過法律的人，應該都知道檢察總長、檢察長才有指揮偵查犯罪的權力吧？
他解釋，法務部長主管的是行政事務，檢察官人事、監獄管理、要不要槍決死刑犯（黃國昌主張廢死，會簽嗎？）不是偵查犯罪。當然法務部長對檢察長有人事權，可以決定檢察長是誰，所以他對檢察長有實質影響力。
不過，林智群指出，在這個年代，哪個法務部長敢下條子指示檢察長辦案子？大概會被幹到翻掉吧？！他嘲諷，一個忘了無罪推定原則的正義魔人，來當法務部長，很恐怖欸。如果連「有利不利一律注意」這個概念都沒有的正義魔人，來當檢察官的頭，也很恐怖欸。黃國昌學長那麼想辦案，當年應該去當檢察官才對啊？
此外，林智群也附上相關法條，根據法院組織法第63條：檢察總長依本法及其他法律之規定，指揮監督該署檢察官及高等檢察署以下各級檢察署及檢察分署檢察官。檢察長依本法及其他法律之規定，指揮監督該署檢察官及其所屬檢察署檢察官。檢察官應服從前二項指揮監督長官之命令。
另外，據法院組織法第64條：檢察總長、檢察長得親自處理其所指揮監督之檢察官之事務，並得將該事務移轉於其所指揮監督之其他檢察官處理之。而依刑事訴訟法第2條第1項：實施刑事訴訟程序之公務員，就該管案件，應於被告有利及不利之情形，一律注意。
