汪文斌強調，中日在台灣以東海域尚未劃界，「中方不接受所謂日本專屬經濟區的說法和所謂行使管轄權的行為，已向日方提出交涉，要求日方不得干擾包括台灣地區在內的中方船隻在該海域的科考活動。」
據了解，我海巡署9月29日上午11時接獲花蓮港東南方69浬（23-38N、122-49E）的「新海研1號」通報，日本海上保安廳船艦從花蓮港東南方73浬（23-48N、122-56E）位置接近。
當時，海巡署立即派遣花蓮艦前往該水域實施戒護，並向日艦主張該水域為台灣專屬經濟海域，日方勿干擾我方船舶作業，然而，日艦也主張該處為日本專屬經濟海域，未經同意不得進行科學研究。
雙方廣播相互驅離未果，3艘船便在海上對峙10小時，「新海研一號」由花蓮艦全程戒護未受干擾。直至晚間9時15分，「新海研1號」離開該水域，日本保安廳船艦才離開，花蓮艦則守至晚間10時30分，確定日方船隻消失雷達螢幕，才交由海巡花蓮隊35噸艇實施戒護。
