自近代以來，南京總統府多次成為中國政治、軍事的中樞、重大事件的策源地，中國一系列重大事件或在這裡發生，或與這裡密切相關，一些重要人物都在此活動過，是近代中國歷史的重要遺址。
1911年10月10日辛亥革命爆發，1912年1月1日國父孫中山在南京總統府宣誓就任中華民國臨時大總統，並組建了中國歷史上第一個共和制的國家政權-中華民國臨時政府。1948年5月20日，蔣介石、李宗仁在行憲國民大會分別當選總統和副總統後，國民政府改稱總統府。
當馬英九走進一間檔案室看到藍色的檔案夾時，忍不住拿起來把玩，「我的第一個工作就是總統府第一局的局長，前後7年，所以看到這個藍色檔案夾很親切。」
之後馬英九參觀了拉貝故居（拉貝與國際安全區紀念館，John Rabe and InternationalSafety Zone Memorial Hall），這裡是1932至1938年間德國西門子公司駐南京代表處代表約翰楨唻岩蹵耵漲磽v。抗戰期間，南京淪陷後，這裡成為南京安全區25個難民收容所之一，25萬難民擁進安全區避難，這個小院就保護了600多位難民免遭日軍殺害。拉貝先生親眼目睹日軍暴行，在這裡寫下了著名的《拉貝日記》。
