重啟服貿談判議題成為總統選戰焦點，國民黨、民眾黨參選人侯友宜、柯文哲均表態支持，柯文哲也自稱「一直都是反黑箱，不是反服貿」，又酸蔡政府為何不廢掉ECFA；而時代力量前立委黃國昌也回應該議題表示，318運動的核心是先立法再審查。
對此，邱顯智晚間透過臉書氣憤地表示，把「318反黑箱服貿運動」訴求簡化為追求程序正義的「反黑箱」，這是扭曲歷史，只強調「反黑箱」，把反對中國以經促統、反對金權財團兩岸買辦的精神完全丟棄，這是背叛一整個因為對國家前途、個人未來感到深刻憂慮才走上街頭的世代。
邱顯智說，把318運動為了擋下服貿的「反黑箱」、「逐條審查」運動策略拿來背書「不反服貿」，把「反黑箱以反服貿」偷換成「反黑箱不反服貿」，甚至提倡重啟服貿的政客，台灣人民都應該唾棄他們。
不過，邱顯智的發文很快引起柯文哲支持者的不滿，在網路圈知名挺柯的藥師林士峰在底下留言表示，他訝異時代力量的清流邱顯智會這樣講，把反黑箱跟逐條審查當成是政治手段，以惡意杯葛的手段，其目的是為了反服貿，這種講法根本是愚弄支持太陽花運動的群眾，他說，有多少人是因為程序不正義，希望能夠按部就班簽訂貿易協定，才會支持這場學運。
另外，粉絲專頁「尚書大人真機靈」表示，既然邱顯智認為太陽花唯一主軸是「反服貿」，那幹嘛要訴求逐條審查，都不要服貿了還審查什麼？他說，邱顯智這篇還是會吸引很多綠粉幫忙按讚，但按讚的理由是剛好酸到他們討厭的人，不是認同邱顯智的論點。
較為特別的是，統促黨的貂蟬黨部也留言批評邱顯智，是背叛中華民族的人；也有部分網友是以簡體字留言批評邱顯智的發文與論點。
相關的留言也讓邱顯智不滿，讓他在短短不到2小時，隨即發出第二篇貼文，他表示，以自己從事人權運動的多年經驗，如果單純反黑箱的程序訴求能號召數十萬人街，台灣的人權與司法程序正義早就飛天了；反服貿就要滑坡到廢除ECFA、甚至不跟中國做生意？說這種話的根本不懂ECFA是什麼，滑坡滑到台灣海峽。
