檢方起訴指出，2011年彰化縣政府舉辦2012台灣燈會「龍騰彰化─福運台灣」時，卓伯仲指示彰化縣工商發展投資策進會呂姓職員，將還沒公告的採購燈會環保袋設計傳送給廠商，這部份涉嫌洩漏國防以外的秘密罪。另外他在2012年擔任馬吳彰化競選總部執行總幹事，負責保管輔選經費，但他發現廠商的資金不足，擔心縣府在2012台灣燈會結束前，就沒有足夠環保袋可以發放，因此分3次挪用競選總部經費2381萬元，匯給廠商並要求開立不實統一發票。
全案於2013年間爆發，檢調單位搜索彰化縣府等處，並將卓伯仲聲押獲准，全案於當年5月間偵查終結，提起公訴。卓伯仲一審遭判刑9年，上訴二審後，台中高分院改判刑8年6月，另外還判6月，此部分得易科罰金。
但案件再經最高法院撤銷發回，更一審也認定有罪，改判不得易科罰金之刑合併執行5年，另外得易科罰金之刑合併執行1年。全案第二度撤銷發回後，更二審改認定他開立不實發票，侵占1800萬元，改判有期徒刑2年10月。全案再上訴，最高法院29日駁回上訴定讞。