針對覆議案，行政院6日院會提出7大原因包括，第一、沒有實質討論，違反民主原則；第二、混淆雙首長制，質詢總統違憲；第三、無差別調查民眾，聽證範圍過廣；第四、漠視正當法律程序，違反程序正義；第五、無限期審查人事同意權，空轉政府重要職缺；第六、「藐視國會」定義不明，恣意擴大立院職權；第七、「懷疑」官員虛偽陳述，即可課以刑責。
此番說明引發黃國昌不滿，直言卓榮泰第一時間就嗆聲過要提覆議，而這院會只是過水，對於政院提覆議感到不意外，「我真的意外的是，新行政院團隊發出來的聲明，不僅水準低落，而且充斥著造謠假訊息，我老實說，看了差點有點噴飯！」
針對民眾黨團總召黃國昌批評說謊，卓榮泰說，黃國昌委員幾次對他有非常不正確的講法，「說我說謊、說我很多其他的事情，我覺得我跟黃國昌委員誰的公信度比較強，就讓社會公斷，我不再多言」。
卓榮泰重申，行政院在禮拜三收到立法院來文，如果沒有在昨天通過行政院會處理覆議案，今天以及接下來的端午連假、下週二總質詢，勢必要等到6月13日行政院會才能處理，所謂10天的時間已經非常接近，當中還要通過院會的決議後還要送總統核可，時間會壓縮到總統審慎檢視咨文的內容，所以決定在昨天適時在院會中做出覆議決定。
